No manga 400 de Naruto Uchiha Madara conta a verdadeira história de Itachi, e do por que ele devastou o clã.

Os membros do Clã Uchiha colocaram Itachi como espião na ANBU, mas Itachi se tornou um "agente duplo" espionando o Clã Uchiha para Konoha ao invés do contrario, isso por que ele prezenciou a terceira grande guerra ninja com 4 anos, e viu coisas que o abalaram muito, tudo o que ele desejava era a paz, e sabendo que uma rebelião dos Uchihas não causaria problemas apenas em Konoha, mas em todo o Pais do fogo o que permitiria a invasão de outras vilas podendo trazer uma quarta grande guerra ninja, decidiu aceitar a missão de Konoha que consistia em destruir todo seu clã, Uchiha Madara que desejava vingança contra o clã Uchiha e Konoha estava lá e fez um trato com Itachi, ele conseguiria sua vingança contra os Uchihas que o trairam quando ainda era o líder deles, e em troca ele não atacaria Konoha, e ele aceitou. O Terceiro Hokage não concordou e tentou uma conciliação com os Uchihas, mas ja era tarde demais, o clã foi massacrado por Itachi e Madara, mas Itachi não matou seu irmão mais novo Uchiha Sasuke, ele implorou ao Terceiro Hokage para mantê-lo longe de Danzou e que não revelasse a verdade a ele, de que o clã planejava uma rebelião, depois disso partiu da vila e mentiu para Sasuke, para que não soubesse o que realmente aconteceu, antes de partir para ser um ninja renegado o que era parte da missão, ele ameaçou Danzou dizendo que se ele fizesse algo com Sasuke ele revelaria tudo que sabia sobre Konoha para os outros países.