Numa época onde as nações lutavam por terras e direitos, as organizações não eram formadas por vários clãs e famílias como hoje em dia, mas como clãs individuais e independentes. Essas nações contratavam esses clãs individualmente para suas guerras pagando valores altíssimos aos clãs, mas dentre os vários clãs que existiam, dois eram temidos e considerados os mais poderosos: o clã Uchiha e o clã Senju.

Madara Uchiha nasceu dentro do clã Uchiha, cresceu em constante treinamento juntamente com o seu irmão mais novo, Izuna Uchiha onde ambos eram conhecidos como os prodígios do clã Uchiha. Despertaram o Sharingan, ainda muito novos e com um árduo treinamento ambos conseguiram um poder que ninguém jamais vira, o Mangekyou Sharingan, e logo foram reconhecidos por todo clã como sendo os mais fortes de todo clã Uchiha, Izuna e Madara Uchiha chegaram ao topo do clã, onde Madara se tornou o líder do clã Uchiha.  

Nos anos que se seguiram, o clã Uchiha se viu em várias batalhas com o igualmente e poderoso clã Senju, se uma nação contratasse os Uchihas a nação rival contratava os Senju, o clã dos Uchiha era o único clã capaz de lutar contra eles.  

Mas devido ao uso excessivo do Mangekyou Sharingan, Madara viu a luz virar escuridão, Madara viu que esse novo poder tem um preço, ele tentou de tudo para voltar à luz, mas de nada adiantou, então em um ato de desespero Madara arrancou os olhos de seu irmão Izuna que segundo o próprio Madara seu irmão doou seus olhos para o bem do clã, para que Madara pudesse proteger o clã. A luz voltou para Madara e um novo poder se revela, Eien Mangekyou Sharingan. Com esse novo poder, Madara facilmente pode controlar cada clã shinobi que os Uchihas encontravam pelo seu caminho, ele foi aclamado como o shinobi mais poderoso do mundo.

Para por um fim aos sangrentos combates travado pelos clãs, o líder do clã Senju, Hashirama Senju propõe ao clã Uchiha uma oferta de paz. Embora Madara nunca quisesse a paz com o clã Senju, dizendo que seu irmão sacrificou seus olhos para o bem do clã, todas a lutas que travaram foram em vão, ele não podia aceitar isso, mas o resto do clã Uchiha queria acabar com as batalhas travadas entre os dois clãs e Madara como líder do clã não tinha outra escolha senão aceitar a decisão do resto de seu clã. Após a aliança entres os dois clãs à nova organização foi empregada pelo país do fogo para ajudar a estabilizar as fronteiras, e assim teve inicio o sistema de se ter uma vila oculta por país, assim se formou a Aldeia da Folha do País do Fogo, com a união dos Uchihas e Senjus.

Foi decidido que Hashirama seria o Primeiro Hokage, ele teve apoio de todo o País do Fogo. Madara temia que Hashirama traísse o clã além de diminuir o poder dos Uchihas na vila, ele como líder dos Uchihas sabia que o único modo de proteger o clã era confrontar Hashirama, mas os Uchihas não deram ouvidos a ele, disseram que Madara queria ascender as antigas chamas da guerra, ao invés de ajudá-lo, o clã virou as costas a ele, acreditando que a sua única motivação era a ganância. Madara abandonou a Aldeia da Folha por se sentir traído pelo seu próprio clã. 

Mas Madara disse assumir um papel de vingador e desafiou a Vila Oculta da Folha sozinho, o ataque resultou em uma luta contra Hashirama. Controlando a Raposa de Nove Caudas, Madara luta contra Hashirama em uma luta épica, mas acaba sendo derrotado, o local onde aconteceu a luta ficou conhecido por "O Vale do Fim", onde há duas estátuas uma de Madara e outra de Hashirama. Todos acreditavam que ele havia morrido e Madara foi esquecido por todos na história. 

Para que ninguém seguisse os passos de Madara, o irmão mais novo de Hashirama, Tobirama Senju em sinal de boa fé deu aos Uchihas a posição de polícia de Konoha, mas isso era apenas para vigiá-los, para mantê-los fora dos assuntos do governo, alguns Uchihas notaram o que estava acontecendo e pensaram em começar uma rebelião, mas já era muito tarde

Plano Olho da Lua

Olho da Lua é o misterioso plano de Madara. Há muito tempo atrás um sacerdote chamado Eremita dos Seis Caminhos trouxe a paz ao mundo, selando uma criatura em si mesmo, através de uma técnica que ele criou, essa técnica fazia de um ser humano recipiente de um bijuu, essa criatura era conhecida como Juubi, ou seja, o Bijuu de 10 caudas. ele foi o Jinchuuriki na Juubi, o primeiro jinchuuriki. Mas o sacerdote sabia do perigo: se morresse a Juubi sairia do seu corpo e voltaria a assolar o mundo Shinobi. Sendo assim, ele dividiu a Juubi em 9 partes, ou seja, os 9 Bijuus conhecidos: Ichibi, Nibi, Sanbi, Yonbi, Gobi, Rokubi, Shichibi, Hachibi e Kyuubi. Depois ele se explodiu no céu, criando assim a Lua, onde estava o último pedaço da Juubi. Madara pretende pegar os 9 Bijuus e juntar com o último pedaço da Juubi, que está na Lua, e assim ser seu Jinchuuriki. Depois pretende fazer o Jutsu: "Tsukuyomi Infinito" a partir do qual a Lua se tornaria um olho com Sharingan gigante e todas as pessoas iriam ficar sob o controle de Madara. 

Izanagi o Doujutsu proibido pelo Clã Uchiha

Na luta de Sasuke contra Danzou, Madara diz que a técnica que Danzou está utilizando é Izanagi, uma técnica que foi considera proibida pelos Uchihas.  A técnica faz com que em um curto período de tempo, todo dano usado contra o usuário e até mesmo a morte, é capaz de se transformar em uma visão de um sonho, além disso, ele controla o piscar de olhos entre a ilusão e a realidade, mas a técnica está imcompleta, mesmo assim a conseqüência á a mesma, um dos olhos do usuário é selado em uma escuridão eterna.   Já no fim da luta, Sasuke acaba derrotando Danzou, Madara fica bastante entusiasmado, pois ele poderá extrair o olho de Uchiha Shisui, Madara leva o corpo de Danzou, mas ao extrair o olho, ele vê que em seu último suspiro Danzou o destruiu. 

O Rinnegan de Nagato

Depois de algum tempo da morte de Nagato, Madara vai atrás do seu Rinnegan, no qual está com Konan na Vila Oculta da Chuva. Konan já esperava a vinda de Madara, ela aguardava o momento certo para matá-lo e Madara diz que não ira se conter por Konan ser um ex-membro, os dois estão em meio a um lago próximo a Vila Oculta da Chuva. Madara pergunta qual o motivo da traição de Nagato e Konan. Ele supõe que houve uma briga interna na Akatsuki pelo Rinnegan, logo em seguida ele indaga a Konan se ela acredita que Naruto Uzumaki é realmente especial. Konan diz que ele é a luz em pessoa e que todos que ele encontra carregam a flor chamada esperança. Konan usa o Karada no Kami e se transforma em papeis para atacá-lo, Madara diz que Konan mostra suas presas para ele, mas que ela ainda veste a capa da Akatsuki e que talvez sinta falta da mesma. Konan diz que a Akatsuki foi fundada por Yahiko e que as nuvens vermelhas representam a guerra que fez chover sangue na Vila Oculta da Chuva, Madara só está vestindo a capa, mas que para ela e seu povo a capa representa justiça e que não pertence a ele e que os olhos de Nagato são o tesouro e a esperança do país dela. Madara então diz que Konan está errada e foi ele que induziu Yahiko a criar a Akatsuki e que ele deu o Rinnegan para Nagato, Eu só estou pegando de volta o que é meu desde o começo. Konan inicia o ataque usando o Kami no Tsubasa seu ataque está cercando Madara no intuito de que ele não possa fugir quando ele se solidificar, Madara agarra o pescoço de Konan tentando sugá-la para outra dimensão, porém Konan havia usado o Kibaku Ta Kami disfarçado entre os papeis vários explosivos no intuito de matar ambos. Madara consegue absorver parte da explosão, mas, perde seu braço inteiro e parte de sua máscara ficando todo queimado. Madara diz que o plano de Konan em matar ambos, falhou, ele absorveu parte da explosão salvando ela também. Konan diz: Uma questão, Madara... você sabe o motivo de nossa traição? Madara diz: isto é uma questão de vocês Konan grita que ele é escuridão, um mundo sem luz onde as flores só podem murchar e morrer. Um oceano de papel se abre, Madara está caindo no abismo criado pelo Hijutsu de Konan Hijutsu: Oushanpeupau Madara tem que solidificar antes de pode absorve a si mesmo e sempre que absorve algo ou alguém é mais demorado realizar a técnica, neste tempo, Madara fica intangível em uma duração de apenas 5 minutos, Konan preparou a técnica com selos explosivos para funcionar explodindo no tempo de 10 minutos ininterruptos. Ao final da técnica Konan está exausta, ela pensa que conseguiu matar Madara, porém, Madara aparece atrás dela atravessando-a com uma espada. 

Izanagi o jutsu proibido pelo Clã Uchiha que consegue transformar ilusão e realidade, cujo custo é perder a visão permanentemente, uma técnica que só pode ser usada por alguém com os poderes dos Uchiha e Senju, poder do Eremita dos Seis Caminhos. Izanagi foi originalmente usada pelo Eremita dos Seis Caminhos para "criar". Os Uchiha e Senju foram um só, o Eremita que era dos dois clãs e das duas linhagens usou seu poder para criar. Ao misturar imaginação à energia espiritual que forma a base de "Yin" ele criou aparência e formas a partir do nada e ao misturar vitalidade à energia física que forma a base do poder "Yang" ele deu vida às formas. As bijuus estão entre suas criações, com seu poder Elemental "Yin Yang" ele criou as nove bijuus do chakra da Dez Caudas, uma técnica com o poder de transformar imaginação em realidade. Segundo Madara, ele enfrentou Hashirama para obter os seus poderes, dois dos seis caminhos se tornando um agora" Danzou não conseguiu controlar o poder de Hashirama por isso seu Izanagi estava incompleto. Ao acabar a ilusão de Madara Konan estará morta, mas antes ela revelará onde está o corpo de Nagato. Madara encontra o corpo de Nagato em um templo, ele é o "terceiro dos seis caminhos" Nagato excedeu tanto seus poderes que a marca registrada do Clã Uzumaki, os cabelos vermelhos se tornou branco neve. 

Força

Madara Uchiha foi o primeiro a possuir o Eien Mangekyou Sharingan, sua experiência de várias décadas como Shinobi, lhe permite uma analise mais detalhada sobre seu adversário para um ataque bem sucedido. No flashback da luta entre ele e Senju Hashirama, ele mostrou uma grande força e grande aptidão em utilizar jutsus, é capaz de invocar a Kyuubi no Youko, devido sua habilidades com fogo utilizava seu imenso Leque Uchiha para aplicar mais forte seus Jutsus Katon. Através de seu Sharingan, consegue ver através de qualquer jutsu para contra atacá-lo ou esquivá-lo, caso precise utiliza seu doujutsu maximo, o Eien Magenkyou Sharingan que lhe da jutsus exclusivos como o Doujutsu • Ryokoo Basho Tenki, um hijutsu que pode fazer ele se mover ou se teleportar no espaço-tempo.