No manga 399 Tobi/Uchiha Madara conta a história do clã Uchiha, dizendo que sempre tiverem uma rivalidade com o Clã Senju da Floresta, sendo que os dois clãs eram considerados os melhores em suas épocas, e devido a varias lutas contra Senju Hashirama ele ficou logo famoso, ele também conta que conforme o clã Uchiha ficou famoso eles ganharam mais inimigos, e precisavam de mais poder para proteger o clã, também diz que seu irmão deu os olhos á ele por vontade própria, para que Madara pudesse proteger o clã, um dia os Senjus ofereceram uma trégua e o clã Uchiha queria aceitar, o unico a discordar foi seu líder, Uchiha Madara, pois não conseguia aceitar que todas as lutas e os olhos de seu irmão foram por nada, mais os Uchihas queriam paz então ele teve de concordar, eles estabilizaram fronteiras no Pais do Fogo dando início a uma tradição copiada pelos outros países de se ter uma Vila oculta por pais, depois disso Senju Hashirama foi nomeado o primeiro Hokage, Madara percebeu que ele lentamente iria tirar os privilégios dos Uchihas, mas o clã não acreditou e afirmou que ele apenas queria trazer a guerra de volta, então ele abandonou a vila, mais tarde confrontou Konoha sozinho e lutou contra Hashirama no Vale do fim, sendo derrotado, fazendo com que todos, incluindo Hashirama pensassem que ele estava morto, o irmão de Hashirama Segundo Hokage temendo que mais Uchihas seguissem Madara deu aos Uchihas cargos importantes na policia de Konoha, para mantê-los longe da política e observá-los mais facilmente, alguns membros do clã finalmente perceberam as itenções deles e pensaram e armar uma rebelião, mas ja era tarde, o controle de Konoha foi tomado pelos Senju e os Uchihas se tornaram "Marionetes" nas mãos deles, e o último evento que selou o destino do clã Uchiha foi o aparecimento da Kyuubi, o alto escalão de Konoha sabia que os Uchihas podiam controlar a Kyuubi com seus olhos e mesmo tendo sido apenas um desastre natural a duvida surgil, e eles pensaram que um Uchiha estaria por trás do ataque, a segurança se tornou mais pesada e eles foram removidos para um canto remoto da vila sendo efetivamente isolados, o Terceiro Hokage foi o unico que discordou e desaprovou essas medidas, mas Danzou e os próprios conselheiros de Sandaime o ignoraram, por sempre desconfiarem do clã Uchiha, o que deu início a discriminação, os Uchihas se juntaram e começaram a organizar um grupo de revolta, então os líderes de Konoha plantaram um espião entre eles Uchiha Itachi, Segundo Madara foi quando a vida de Itachi passou de normal para um inferno.